Thoma byl primátorem v letech 2006 až 2014. Obžaloba mu vytýkala to, že v červnu 2010 uzavřel se společností BitServis dodatek ke kontraktu o dodávce počítačového zařízení a vybavení. Musel si prý být vědom toho, že dodatek představuje novou smlouvu, kterou neprojednala rada města.

Thoma popsal své pocity bezprostředně po osvobozujícím verdiktu jako "obrovskou úlevu". "Od samého začátku jsem tvrdil, že ten příběh je vykonstruovaný. Dnešek je pro mě velikým důvodem, proč jít slavit. Šest let jsem byl vláčen jako největší zločinec veřejnými diskusemi. Kdo tím neprošel, neumí si představit, jak mu to obrátí život naruby," řekl novinářům. Dodal, že po celou dobu trestního řízení ho podporovala řada lidí, s negativními reakcemi se prý setkával méně často.

"Nebylo prokázáno úmyslné zavinění obžalovaného, a proto nalézací soud pochybil, když obžalovaného uznal vinným úmyslným trestným činem zneužití pravomoci úřední osoby," řekl předseda odvolacího senátu Vladimír Vočka. "Zvažovali jsme, zda jednání nenaplnilo skutkovou podstatu jiného trestného činu, a dospěli jsme k názoru, že tomu tak není," doplnil. Českobudějovický krajský soud podle něj nezvážil dostatečně pečlivě všechny okolnosti případu a opíral se o spekulace o sice možných, ale neprokázaných skutečnostech.

České Budějovice odkázal soud s požadavkem na náhradu údajně způsobené škody do občanskoprávního řízení.

Thoma se hájil tím, že rada města schválila původní smlouvu z roku 2007, uzavřenou na dobu neurčitou. Dodatek byl jen formální úpravou dalšího postupu. V tom, že podepsání dokumentu je v pořádku, ho prý utvrdili pracovníci odboru informačních technologií i právníci. Kladné stanovisko dostal také od náměstkyně, která měla IT na starost. Starostové se podle něj dostávají do začarovaného kruhu, protože část policie a státních zástupců si myslí, že by měli být všeználky. Sám Thoma je profesí archeolog, nikoliv právník, což zdůraznil i odvolací senát.

Policie Thomu obvinila v září 2012, o několik měsíců později bylo stíhání zastaveno. Policisté se však k vyšetřování vrátili a od března 2014 čelil Thoma obžalobě. Trestní řízení bylo podle Thomy kampaní, která ho měla zlikvidovat společensky, politicky i existenčně. Poukazoval na to, že se na přípravě dodatku nepodílel: nedal pokyn k jeho vypracování, ani se nezúčastnil jednání s dodavatelskou firmou, což potvrdili svědci. V minulosti své obvinění označil za vendetu ODS. Thoma byl do roku 2010 primátorem právě za občanské demokraty, poté se stal lídrem nově vzniklého hnutí Občané pro Budějovice.