Brod se rozhodl nesplnit Kafkovu poslední vůli a rukopisy si ponechal. Jeho sekretářka Esther Hoffeová po Brodově smrti v roce 1968 tento majetek zdědila. Část rukopisů prodala a zbytek po její smrti přešel do vlastnictví jejích dcer Evy a Ruth. Dnes žije už jenom Eva.

Knihovna se podle izraelského tisku nyní snaží dohledat rukopisy, z nichž některé jsou staré století a byly přechovávány v nevyhovujících podmínkách. Část je uložena v bankovních sejfech rodiny Hoffeových v Curychu a Tel Avivu. Zatím nikdo ale neví, co přesně v trezorech je.

"Bohužel jsme zatím našli jenom deset sejfů a v nich byla pouze část pozůstalosti. Nebyly tam cenné rukopisy, o nichž víme, že existují. Obávám se, že to nejdůležitějšího z dědictví bude ukryto a vyvezeno nelegálně k prodeji tomu, kdo zaplatí nejvíc," řekla odbornice na Kafkovo dílo Anat Perryová, jež knihovně pomáhala v soudním sporu. Za jednu z nejcennějších položek se považují deníky z let 1913 až 1924, kdy Kafka tvořil. Perryová se obává, že je rodina Hoffeových převezla na tajné místo.

Právník Ehud Sol byl při otvírání sejfů ve Švýcarsku a řekl, že soud nebyl schopen sestavit vyčerpávající seznam položek, které mají být v dědictví po Brodovi. Navíc nikdo neví, jaká část rukopisů byla uložena v bankách a jakou si Esther Hoffeová nechala doma nebo v sejfech, o nichž se zatím neví. Hoffeová se o dědictví soudila dlouho a k nejasnostem přispěla, když v době procesu oznámila, že jí vtrhli do bytu v Tel Avivu neznámí lidé. Nevyšetřilo se, zda a co z bytu zmizelo.

Knihovna navíc zjistila, že některé z rukopisů, které rodina Hoffeových stačila prodat na aukcích, Hoffeové vůbec nepatřila. Není ještě jasné, zda knihovna povede mezinárodní soudní řízení a dohledá tyto rukopisy.

K "zákazníkům" Esther Hoffeové patřil mimo jiné literární archiv v německém Marbachu. Rukopis románu Proces prodala Hoffeová v roce 1988 na aukci Sotheby´s v Londýně za milion liber (37 milionů korun). Kupcem by švýcarský obchodník, který rukopis předal archívu v Marbachu. Nákup s využitím prostředníka je ale porušením Brodovy poslední vůle, protože Brod chtěl, aby byl jeho majetek darován nějakému veřejnému archivu, nikoli rozprodán na aukci. Jako vhodný příklad jmenoval právě Národní knihovnu v Jeruzalémě. Výslovně zakázal převoz majetku jakékoli instituci v Německu, protože jeho příbuzné stejně jako Kafkovy sestry zabili nacisté. Právník Meir Heller, který ve sporu hájil knihovnu, soudu předložil zachované dokumenty, v nichž Brod o Němcích hovoří jako o "prokletém národě", s nímž si musí vyřídit "zvláštní účet". Brod Kafkovy rukopisy vyvezl z Prahy v roce 1939 a usadil se v Tel Avivu.