V souvislosti s Fajtem řešilo ministerstvo školství dva podněty o možných problémech. První se týkal průběhu habilitačního řízení na Univerzitě Karlově, proto úřad požádal nejstarší tuzemskou univerzitu o vyjádření, zda opravdu proběhlo vše dle zákona. To dostalo obratem.

Zpoždění procedura nabrala kvůli čekání na vyjádření na podnět vztahující se k Humboldtově univerzitě v Berlíně, který ministerstvo považovalo za natolik závažný, že bez vyjádření této instituce nechtělo Fajtovu kandidaturu předložit do vlády a následně prezidentovi. Čeho konkrétně se podnět týkal, není známo. Členové vědecké rady navíc poukázali na to, že německá univerzita nemá s českou profesurou z právního hlediska nic společného. Univerzita nakonec zaslala ministerstvu školství dopis, že se k záležitosti nehodlá vyjadřovat, protože má interní povahu. Fajt ji však osobně požádal, aby tak učinila.

Fajt za těmito průtahy vidí obecnější záležitost, která se dotýká uchování akademických práv a svobod. "Myslím, že problém je v orgánech státní správy a dodržování zákonnosti v České republice. Byla to i principiální věc, do jaké míry se musíme brát za zachování akademických svobod, ten můj případ je vlastně druhotný," řekl ČTK k jednání vědecké rady.

Navíc poukázal na to, že s ním nikdo na toto téma nekomunikoval, což považuje za pochybení orgánů státní správy. "Se mnou oficiálně nikdo nemluvil, neměl jsem s nikým písemný ani ústní kontakt."

Kandidatury na profesury podává ministerstvu univerzita, nikoliv kandidáti osobně. Ani členové její vědecké rady však nebyli detailně informováni o charakteru pochybností, které se s Fajtem pojily. A na dnešním jednání neskrývali rozladění z celé situace. "Nevím, jestli to není zralé minimálně na zdůraznění, že v této věci je zákon minimálně obcházen," uvedl bývalý rektor UK a senátor Václav Hampl.

Zazněly také úvahy, že podněty mohly přijít z Pražského hradu nebo ze strany Fajtových oponentů. "Přijde mi, že se tady pohybujeme na poli mocenských rozmařilostí, možná politických objednávek, ale to jsou všechno z mé strany jenom spekulace," doplnil k tomu samotný Fajt.

Ministr školství počítá s tím, že Fajt bude jmenován při dalším kole jmenování profesorů, které by mělo být v únoru příštího roku. Už nyní má ministerstvo na stole zhruba dvě desítky žádostí o jmenování, návrhy se budou sbírat do 10. ledna, doplnil.

Návrhy na profesury se na ministerstvu vyřizují průběžně, proto se podle Chládka nedá hovořit o balíku návrhů. Osobně ve zpoždění žádný problém nevidí. "Nebyl to první případ ani poslední, protože se prověřují všichni. Chtěl bych podotknout, že to nedošlo do stadia, kdy bychom tu profesuru vrátili," dodal.

Ohledně jmenování profesorů se rozhořely spory poté, co prezident Miloš Zeman dlouho odmítal jmenovat literárního historika Martina C. Putnu. Nakonec dekret podepsal, ale Putnovi ho předával ministr školství. Před týdnem pak Zeman s Chládkem oznámili, že prezident bude za určitých podmínek jmenovat profesory a předá jim i dekrety. Jednou z podmínek je, aby před jmenováním dostal seznam kandidátů, a pokud vyjádří o některém z nich pochybnosti, aby byla kandidatura ještě prozkoumána. To vzápětí sklidilo od rektorů novou vlnu kritiky. Bez opory v zákoně není možné, aby do jmenování profesorů vstoupila jiná instituce, uvedl například rektor Masarykovy univerzity Mikuláš Bek.