O sexuální orientaci herečky, známé především z filmu Mlčení jehňátek, se začalo šuškat už v roce 2007, kdy Jodie veřejně věnovala své ocenění „mojí Cydney, která je se mnou v dobrém i zlém.“. Cydney přitom potkala už v roce 1993. I přesto se ale nikdy veřejně nepřiznala, že jí přitahují ženy. Až dosud. Na předávání cen Zlaté Glóby konečně poprvé prohlásila, že je lesba a své díky poslala ex-přítelkyni Cydney, se kterou má dva syny.
Náklonost k ženám mají Fosterovy ženy nejspíš v rodině. Podle amerických médií její matka, filmová producentka Brandy Almond, je totiž také lesbička. Když se Brandy rozešla s otcem Jodie Foster, Luciusem Fostere, krátce poté, co se Jodie narodila, začala žít s jistou Josephine Dominquez. Jodie a její tři sourozenci tak vychovávaly dvě ženy.
Cydney Bernard byla Jodiinou největší láskou jejího života. Společně vychovávají dva syna, které byli počati díky umělému oplodnění. Jodie se nyní nechala slyšet, že svým synům prozradí totožnost jejich otce až v době, kdy jim bude 21 let. Jodie a Cydney se rozešli v roce 2009 a herečka byla tehdy na dně. Důvodem rozchodu měla být producentka Cindy Mort, se kterou se Jodie seznámila během natáčení filmu The Brave One.
