Trojan byl od roku 1966 knězem Českobratrské církve evangelické v Libiši, proto v lednu 1969 vyprovázel farníka Palacha, který se na protest proti vývoji po okupaci vojsky Varšavské smlouvy v roce 1968 upálil na Václavském náměstí. Nad rakví mimo jiné řekl: „V tomto cynickém století, v němž nás často děsí druzí, a my opět děsíme je, a v němž se mnohdy lekáme, jak všichni jsme vnitřně malí, on nás přivedl k tomu, abychom se ptali otázkou, která z nás může učinit velké lidi: Co jsem udělal já pro druhé, jaké je mé srdce, za čím jdu, čemu sloužím, co je pro mne nejvyšší životní hodnotou?“
Po těchto slovech se dostal do hledáčku Státní bezpečnosti (StB), která ho začala obviňovat, že Palacha k činu navedl. Po kritice politických poměrů a odmítání loajality s nastupující normalizací, přišel o státní souhlas a musel nastoupit do civilního zaměstnání. Dál však kázal v utajení a o pár let později podepsal jako jeden z prvních Chartu 77. Po revoluci přešel na Evangelickou teologickou fakultu, kde se stal děkanem a dlouholetým pedagogem.
Setkali se jen jednou
Trojan popisoval, že se s Palachem setkal osobně jen jednou, při vánoční bohoslužbě v roce 1968, když se loučil s farníky. „On přitom řekl, že by církve měly něco dělat v situaci, ve které jsme byli. U dveří není samozřejmě čas na delší rozhovory, proto v té půlminutě, kdy padlo několik vět, mě zaujala právě Janova starost o to, jak se chováme,“ vzpomínal.
Z potomků jsou umělci
V roce 1950 se oženil s teoložkou Karlou Schwarzovou, jejíž jméno přijal podle staré evangelické tradice podobně jako prezident Tomáš Garrique Masaryk. Jejich syn Pavel (70) je hudební pedagog a skladatel, vnuk Pavel jr. (42) k hudbě přidal i herectví, hrál např. v seriálech Dobrá čtvrť či Pojišťovna štěstí.
