"Jako 'enfant terrible' českého loutkového divadla 60. let neváhal na jeviště přivést autory spojené s pojmy absurdita, existencialismus, černá groteska - Camuse i Ghelderoda -, kdy se v inscenacích Nedorozumění a Hop, signore ve výběru i zpracování témat přesně dotkl doby," komentovala jeho odchod.

Před dvěma lety převzal Makonj hlavní cenu festivalu umělecké alternativy ...příští vlna/next wave.... Obdržel poctu nazvanou Živoucí poklad, stejně jako před ním Ivan Vyskočil, Bořivoj Srba, Eva Tálská, Jan Schmid, Ctibor Turba, Arnošt Goldflam či Bohdan Holomíček. Přehlídka tak ocenila, že na přelomu 60. a 70. let Makonj založil experimentální scénu Vedené divadlo, měl podíl na vzniku Divadelní pouti a "otočil kormidlo" v Ústředním loutkovém divadle (nyní divadlo Minor). Oceněn byl i za pedagogické působení na Katedře alternativního a loutkového divadla DAMU, za svůj teoretický a publikační vklad oboru.

Vedené divadlo, ve kterém realizoval své divadelní představy a sny, skončilo administrativním zásahem, jeho další, velmi svérázné divadelní počiny uvedené v 80. letech například v plzeňském Divadle dětí Alfa, byly předmětem diskusí, nepochopení, tichých zákazů, ale i nevšedního zájmu diváků, kteří vycítili, že se v oblasti loutkového divadla začalo dít něco nového. Možnost realizovat své představy o divadle herce a loutky dostal až v Divadle Minor, v jehož čele byl v letech 1990-1998.

Časopis Loutkář v nekrologu upozornil, že Karel Makonj sledoval moderní divadelní teorii a podílel se výrazně na jejím formulování, kdy se místo partnerství animátora a loutky dostávalo do popředí nové vyjádření tohoto divadelního propojení. Své úvahy o herectví ve vztahu k loutce a objektu v prostoru publikoval už od studentských let v prestižní revui Divadlo. Později pak v několika seriálech právě v časopise Loutkář.