Ministerstvo podle kontrolorů například neuvedlo hodnocení hospodárnosti, efektivnosti a účelnosti výdajů na úrovni kapitoly tak, jak stanovuje vyhláška. Dále pak některé informace v závěrečném účtu neodpovídaly údajům ve finančních výkazech nebo v účetní závěrce za rok 2016, další uvedlo ministerstvo nesprávně, zjistil NKÚ.

"Nejvýznamnější nesprávnosti vznikly tím, že MMR v přehledu o peněžních tocích vykázalo zvýšení stavu peněžních prostředků o 3,5 miliardy korun, i když ve skutečnosti došlo k jejich snížení o dvě miliardy korun," stojí ve zprávě NKÚ. Dále ministerstvo podle kontrolorů například nesprávně ocenilo podíly na zisku akciové společnosti vyplacené formou nefinanční dividendy, které navíc nepromítlo do výsledku hospodaření.

V účetní závěrce nevykázalo ministerstvo podle kontrolorů veškeré peníze, se kterými hospodaří, ani pohledávky za subjekty, kterým poskytlo návratné příspěvky a půjčky. Chyby se objevily také v oblasti transferů, upozornil úřad.

Podle ministerstva je z nálezu NKÚ zcela evidentní, že vychází z odlišného odborného názoru. "MMR tyto své postupy konzultovalo a konzultuje s ministerstvem financí, které je odborných gestorem a metodikem v oblasti účtování vybraných účetních jednotek," uvedl v reakci mluvčí ministerstva Vilém Frček. Některé nesprávnosti ze závěru kontroly NKÚ byly především formálního charakteru, z kontroly NKÚ nevyplynula žádná sankce, dodal.

Zavádějící a vyplývající z odlišného odborného názoru jsou závěry kontroly podle bývalé ministryně Šlechtové, která úřad v prověřovaném období vedla. "Po mém nástupu na MMR jsme postupovali vždy maximálně transparentně a vše dělali po konzultacích s ministerstvem financí," uvedla. Vybrala také nového ředitele příslušného odboru rozpočtu. "Jeho nástupkyně dostala jasný úkol uvést vše do souladu," doplnila Šlechtová.

Kontroloři se zaměřili také na údaje, které ministerstvo v roce 2016 předkládalo pro hodnocení plnění státního rozpočtu, neboť z těchto údajů se následně sestavuje finanční výkaz. Při této kontrole zjistili kvůli chybnému zatřídění dotací poskytovaných příjemcům v ČR pochybení přesahující sedm miliard korun. "MMR je totiž několik účetních období vykazuje nesprávně jako výdaje na mezinárodní spolupráci," uvedl NKÚ.

Kontrola upozornila také na to, že MMR dlouhodobě neodvádí do státního rozpočtu všechny peníze, které mají být příjmem státního rozpočtu. Namísto toho je ponechává na zvláštních bankovních účtech mimo rozpočet, čímž porušuje rozpočtová pravidla. K 31. prosinci 2016 to podle NKÚ bylo 13,7 milionu korun.

Kontroloři prověřili i nápravu nedostatků z předchozí kontroly. Zjistili, že MMR provedlo jen necelou polovinu nápravných opatření, která mu vláda uložila. Přesto úředníci konstatovali, že ministerstvo postupovalo podle usnesení vlády a všechna opatření se uskutečnila tak, jak měla.