Vědecké kruhy proti rozhodnutí předsednictva protestují a například sdružení mladých vědců Věda žije! požaduje odvolání Matějů. Případem se zabýval i vicepremiér pro vědu, výzkum a inovace Pavel Bělobrádek (KDU-ČSL), nechce ale zatím dělat "unáhlená rozhodnutí".

Znepokojení dnes vyjádřilo předsednictvo České konference rektorů. "Nejasné zdůvodnění rozhodnutí předsednictva GA ČR o změně pořadí center excelence v očích veřejnosti zpochybňuje transparentnost a nezávislost procesu hodnocení v GA ČR," uvedlo v prohlášení. Rektoři očekávají jasné řešení situace včetně vyvození osobní odpovědnosti ve vedení agentury, které povedou k obnovení její důvěryhodnosti.

K vyřazeným projektům patřil historickouměnovědný za 42 milionů korun a filozofickohistorický za 63 milionů korun. Na jejich místo se dostaly dva jiné projekty s horším hodnocením expertů. Po kritice se agentura rozhodla zaplatit všechny čtyři projekty, jejich rozpočty ale budou výrazně zkráceny.

S novými pravidly veřejných soutěží a změnami, které vyhlásila GA ČR, nesouhlasila Akademie věd ČR i vedení Univerzity Karlovy. AV ČR proto vyzvala vědeckou a kontrolní radu agentury, aby se ke změnám vyjádřily. Dva původně vyřazené projekty měly podle výhrad předsednictva nepřiměřeně vysoké náklady na mzdy a na vydávání publikací. Rada proto nyní doporučuje zahrnout příště do systému hodnocení projektů i finanční audit, který posoudí nutnost a přiměřenost požadovaných financí. Kvůli problematickému výběru vědeckých projektů už podle dřívějších informací tisku rezignovalo pět interních hodnotitelů.

"Je potřeba zachovat rozvahu a detailně se seznámit s problémy, které tam jsou. Už jsem si vyslechl názory tří stran," řekl ve středu ČTK vicepremiér Bělobrádek. Vedení GA ČR si pozvala i vládní vědecká rada na své jednání příští týden. "Je evidentní, že systém, který zde existuje, je trošku chaotický a je potřeba mu dát nějaké centrální řízení. Nedomnívám se, že by stát měl řídit vědu. Měl by mít ale přehled a možnosti ovlivňovat, kam peníze jdou," dodal Bělobrádek.