Novela počítá s tím, že NKÚ by měl dostat možnost prověřovat nakládání v podstatě s veškerými veřejnými penězi. Mohl by tak například do státních fondů, zdravotních pojišťoven, veřejných vysokých škol a firem, v nichž má stát, obce nebo kraje nadpoloviční podíl. Nyní kontroluje jen hospodaření se státním majetkem a plnění státního rozpočtu.
Kritici předlohy v souladu se stanoviskem Svazu měst a obcí (SMO) poukazovali na to, že novela by rozšířila okruh kontrolujících, aniž by odstranila duplicitu kontrol, o niž Senát již dříve žádal. Náměstek ministra pro legislativu Jan Kněžínek poukazoval na to, že problém duplicity kontrol by mohla odstranit další novela o řízení a kontrole veřejných financí, kterou má ministerstvo financí v řádu týdnů předložit vládě.
Námitky se snažil vyvracet také právník Josef Karlický z uskupení Rekonstrukce státu. Uvedl mimo jiné, že norma má zajistit kontrolu veřejných peněž v objemu kolem bilionu korun, že zásah do práv samosprávy nehrozí a že všechny obce by měly být kontrolovány až od roku 2021. Právník Zdeněk Mandík ze SMO ale namítl, že se tvůrci novely nevypořádali s Evropskou chartou místní samosprávy, podle níž státu nepřísluší kontrolovat účelnost a hospodárnost nakládání s majetkem samosprávami.
Předseda senátorů ODS Jaroslav Kubera označil za zvláštní, že Rekonstrukce státu nebojuje proti vytvoření "dvou nových placených flíčků" - novela má totiž počet počet členů kolegia NKÚ rozšířit o dva na 17. Kubera chce v případě, pokud by Senát novelu neschválil ani neodmítl, tuto úpravu zrušit.
Vládní předloha vyjmenovává i veřejné výzkumné instituce, dobrovolné svazky obcí, regionální rady regionu soudržnosti a školy zřízené státem, obcemi nebo kraji. Samosprávy a některé další organizace by kontroloři měli prověřovat jen z hlediska souladu jejich hospodaření se zákony.
