V září 2009 navštívil Benedikt XVI. na tři dny Českou republiku, kdy se mimo jiné účastnil oslav výročí svatého Václava ve Staré Boleslavi. Později ho už zahraniční návštěvy vysilovaly a fyzicky slábl. Přesto bylo velkým překvapením, když 11. února 2013 na shromáždění kardinálů oznámil, že svůj úřad opustí. Stal se tak prvním papežem po více než 700 letech, jenž se svého úřadu vzdal dobrovolně. Rozhodnutí odůvodnil ubývajícími silami v důsledku vysokého věku. Předchozí dobrovolná rezignace papeže se udála v roce 1294, kdy po pěti měsících opustil úřad Celestýn V.
Poslední roky života prožil Benedikt XVI. ve Vatikánských zahradách, v klášteře Mater Ecclesiae. V roce 2020 se stal nejdéle žijícím pontifikem, když překonal papeže Lva XIII., a současně papežem, který prožil delší část života jako bývalá než jako úřadující hlava církve.
Byl dál činný jako autor, v září 2016 vydal knihu Poslední rozhovory, ve které shrnuje své působení v čele katolické církve. Připustil, že praktické vládnutí nebylo jeho silnou stránkou, nicméně svůj pontifikát nepovažoval za neúspěšný. Zároveň v knize poznamenal, že kvůli vysokému počtu placených zaměstnanců je v katolické církvi v Německu příliš „neduchovní byrokracie“ a málo „dynamiky víry“.
Měl zlé oči.