Barokní budova, takzvaný Profesní dům, se nachází v pražské památkové zóně. Při přípravě projektu se tak musely sladit potřeby moderně vybaveného pracoviště se zachováním historického rázu objektu.
Především doktorandům je určeno téměř 300 metrů čtverečních nových prostor. Vyřešil se tím dlouhodobý nedostatek prostor pro mladé vědce. Fakulta jim teď nabízí 22 nových moderně vybavených míst na ploše zhruba 150 metrů čtverečních. Současně vznikl víceúčelový prostor bezmála o stejné celkové ploše a zasedací místnost. V budově, která bude přístupná i studentům na nižších stupních, jsou ještě patrová serverovna, archiv, strojovna vzduchotechniky a další příslušenství.
Matematicko-fyzikální fakulta v Praze má několik budov na různých místech v Praze. Děkanát a některá další pracoviště se nacházejí na Karlově. Areál v Troji je zaměřen primárně na fyzikální katedry, v Karlíně zase převažují katedry matematické sekce. Na Albertově je sportovní areál, přičemž studenti MFF UK pro sport využívají rovněž univerzitní areál v Hostivaři.
