Bělobrádkův úřad na řešení situace spolupracuje s ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy, s nímž průběžně jedná o dalším postupu. "Budeme chtít konkretizovat jejich požadavky na následující období, protože musí jasně předložit, jaké finanční náklady to bude mít na státní rozpočet," uvedl ministr školství Marcel Chládek (ČSSD). Materiál předložený jeho úřadem, který dnes schválila vláda, počítá se zřízením funkce zmocněnce pro tuto oblast při ministerstvu školství.

Panují obavy, jak se budou nově vybudovaná špičková centra financovat po ukončení čerpání evropských dotací. Podle ministerstva školství by měla být zpracována komplexní strategie udržitelnosti center do roku 2020. Podle Chládka jsou největším problémem první tři roky provozu, protože v té době projekty nabíhají, takže nemohou produkovat žádné finanční zisky.

Chládek odhaduje, že stát má hradit až 68 procent nákladů. "Musíme se podívat, jestli jsou ty subjekty schopny zaplatit tu zbylou částku a jestli jsou vůbec schopny držet udržitelnost toho projektu i po skončení té pětileté lhůty," uvedl.

Bělobrádek zdůraznil, že náklady by neměl nést jenom stát. "Pokud je někdo zahájil, tak musí nést spoluodpovědnost i finančního rámce," uvedl Bělobrádek. Ministryně pro místní rozvoj Věra Jourová v této souvislosti připomněla, že v projektech, na jejichž základě centra vznikala, se počítá s komerčním výzkumem i čerpáním peněz z evropských vědeckých grantů. "Určitě se bude hledat taková cesta, aby se maximalizovaly zisky mimo státní rozpočet," řekla budoucí eurokomisařka.

Podle ministra školství je třeba jako o krajní variantě uvažovat také o uzavírání některých ze zhruba čtyř desítek špičkových center, která z evropských dotací vznikla. Jourová v této souvislosti zdůraznila, že tento krok spojený rovněž s vracením vyčerpaných dotací do Bruselu je opravdu absolutně krajním řešením.

Už na jaře odborníci upozorňovali, že stát nebude mít na provoz nových výzkumných center peníze; ohrožen by mohl být celý systém podpory výzkumu. Petr Bobák z akademické rady Akademie věd ČR tehdy v médiích odhadl, že centra spotřebují pět až sedm miliard ročně, s tím ale státní rozpočet nepočítá.

Za evropské miliardy se budují špičková centra excelence, jako například superlaserové projekty ELI Beamlines a HiLASE v Dolních Břežanech, BIOCEV ve Vestci u Prahy, brněnský Technologický institut CEITEC nebo ostravské IT4Innovation Centrum.

Jejich zřizovateli jsou zpravidla vědecké instituce nebo veřejné vysoké školy. Například realizaci projektu ELI Beamlines má na starosti Fyzikální ústav Akademie věd České republiky, který koordinuje národní konsorcium ELI-CZ zahrnující 14 českých univerzit a výzkumných ústavů. Za brněnským Technologickým institutem CEITEC zase stojí čtyři tamní univerzity a dva vědecké ústavy.