Znovuotevření muzea je součástí snah vlády vrátit život v hlavním městě do normálního stavu. Zatím bude přístupná pouze část muzea a jeho rozsáhlých sbírek přibližující život civilizací, které obývaly oblasti Sýrie po tisíciletí.
Osud starověkého dědictví v Sýrii byl po celou dobu válečného konfliktu nejistý. Boje vypukly na mnoha významných místech, jako starověké město Halab (Aleppo), a další místa, jako antické město Palmýra, padly do rukou ikonoklastických džihádistů, tedy ničitelů cizích obrazů a symbolů.
Poté, co se začalo v roce 2011 šířit povstání, vláda evakuovala sbírky muzea, které je jedním z nejdůležitějších na Blízkém východě, i sbírky provinčních muzeí, a ukryla díla daleko od center bojů. V Halabu, kde muzeum leželo blízko frontové linie, byly venkovní obrovské antické sochy, které byly příliš velké na přepravu, ukryté do dřevěných beden vyplněných cementem, aby byly chráněné před případným poškozením kulkami.
Prázdné muzeum v Damašku bylo využívání jako kancelář generálního ředitelství pro starožitnosti. Budovu muzea zasáhla v době válečných bojů minometná palba, škody však nebyly vážné.
Jak v posledních letech slábla přítomnost rebelů v okolí Damašku, byly v muzejní zahradě vystaveny některé sochy, včetně sochy lva z Al-Látova chrámu v Palmýře, která byla poškozena ozbrojenci z Islámského státu a později zrestaurována.
