Ve stanici bude šest bezbariérových nástupišť. Rekonstrukcí projde kolejiště, veškeré technologie, trakční vedení a napájení. Stavbaři budou pracovat za provozu, nutná budou pouze dílčí omezení provozu odpovídající jednotlivým etapám realizace projektu.
Masarykovo nádraží leží přímo v centru Prahy a je třetí nejfrekventovanější stanicí na české železnici. Cílem rozsáhlých úprav, které Správa železnic chystá, je přinést cestujícím komfort odpovídající dnešní době. Zejména se zvýší počet nástupišť a kolejí a nádraží se urbanisticky začlení do okolí. Nové nástupiště využijí zejména budoucí vlaky na letiště.
Odstranění bariéry v území pak zajistí nová platforma nad kolejištěm. Propojí nejen Florenc s Hybernskou ulicí a Masarykovo nádraží s hlavním nádražím, ale nabídne i nový vestibul pro čekající cestující. Z něj povedou eskalátory, schodiště a výtahy rovnou na jednotlivá nástupiště. Část platformy se osadí zelení, vznikne tak klidová oáza přímo v centru metropole.
Přestavba Masarykova nádraží je součástí modernizace železnice z centra Prahy do Kladna. Je rozdělena na několik etap. V loňském roce začaly práce na dvou úsecích, konkrétně z Kladna do Kladna-Ostrovce a na trati mezi stanicí Praha-Bubny a budoucí novou zastávkou Praha-Výstaviště.