Přestože se svatováclavská koruna neměla podle rozhodnutí Karla IV. vzdálit z Prahy, k porušení tohoto ustanovení došlo nedlouho po smrti Karla IV. (zemřel 1378). Patrně již Václav IV. totiž nechal korunovační klenoty počátkem 20. let 15. století uschovat na Karlštejně.
Jeho nástupce Zikmund pak v roce 1420 nechal po chvatné korunovaci na českého krále před vypukající husitskou revolucí vyvézt klenoty ze země do uherského Visegrádu a následně do Norimberka. Po skončení válek a opětovném uznání za českého krále byly klenoty přivezeny zpět na Karlštejn v roce 1436, kde pak s krátkými přestávkami zůstaly uloženy až do roku 1619.
V době stavovského povstání byly klenoty z rozhodnutí direktorů v červnu 1619 převezeny na Pražský hrad. S vývojem vojenské techniky byla totiž obranná funkce hradu shledána již jako nedostatečná. Po bitvě na Bílé hoře (1620) se prchající král Fridrich Falcký pokusil vyvézt korunu s ostatními klenoty ze země, byla však nakonec zanechána na pražské Staroměstské radnici a posléze vrácena na Pražský hrad.
Stěhování klenotů
Během třicetileté války se několikrát z bezpečnostních důvodů stěhovaly. Na podzim 1631 byly během saského vpádu odvezeny do farního kostela v Českých Budějovicích, odkud byly navráceny do Prahy v roce 1633. Avšak již v následujícím roce byly podle instrukcí Ferdinanda III. opět převezeny do Českých Budějovic.
Z obavy před útokem Švédů byly tajně odvezeny do císařské klenotnice ve Vídni (1637), kde zůstaly až do roku 1791. Klenoty byly pak přivezeny do Prahy při příležitosti Leopoldovy korunovace českým králem v září 1791. Byly uloženy v bývalé sakristii v chrámu sv. Víta, současné Korunní komoře. Tehdy také vznikla současná tradice sedmi klíčníků.
Klenoty byly poté opět odvezeny do Vídně v roce 1866 během prusko-rakouské války. Klenoty tehdy odvážel do Vídně poslanec František Brauner společně s jedním úředníkem. Brauner si nakonec ve starém kufru od vetešníka přinesl poklad do svého bytu na dnešní Národní třídě. Jízda jedním z posledních rychlíků před příchodem Prusů však dopadla šťastně a Brauner ráno ve Vídni předal klenoty, které si přišla prohlédnout císařovna.
Návrat do metropole
Návrat klenotů do Prahy v srpnu 1867 se podle představ rakouské vlády neměl stát národní demonstrací, proto se zvláštní vlak z Vídně vydal 28. srpna 1867 na cestu v noci. Přesto se ale už na hranicích Moravy „objevovaly na návrších slavnostní ohně a skoro na všech stanicích vítán byl deputacemi, hudbou a střelbou". Úřady ale neuspěly ani s přímými zákazy proti vítání, pražské ulice druhý den ráno zaplnily tisíce zvědavců sledujících převoz na Hrad, arcibiskupovo Te Deum i jednodenní vystavení ve svatém Vítu.
Naděje, které si tehdy Čechové spojovali s návratem svatováclavské koruny a dalších insignií, se ale nevyplnily. Císař František Josef I., který se v červnu 1867 nechal v korunovat uherským císařem a symbolicky tak stvrdil rakousko-uherské vyrovnání, si totiž korunu českých králů na hlavu nikdy vsadit nedal. A až do konce první světové války se česká politická reprezentace marně snažila o zisk výraznějších pravomocí.
Tajnosti na Slovensku
Během mobilizace před vypuknutím druhé světové války byly klenoty 20. září 1938 tajně převezeny do pobočky Národní banky v Žilině, úkryt však nebyl bezpečný, proto byly 6. října odvezeny zpět do Prahy.
Podle novodobé legendy, nasadí-li si svatováclavskou korunu člověk, který není k tomu oprávněn, do roka zemře. V listopadu 1941 tak údajně učinil zastupující říšský protektor Reinhard Heydrich i se svým synem Klausem (neexistuje ale jediný důkaz, že by si korunu tenkrát nasadil). Heydrich zemřel na následky atentátu 4. června 1942 a jeho syn 24. října 1943, když nešťastnou náhodou vjel na kole pod automobil.
První veřejná výstava klenotů se uskutečnila až v roce 1929 při příležitosti 1000. výročí smrti sv. Václava. Zatím poslední výstava byla loni v květnu při příležitosti 700 let od narození Karla IV.
