14°C
Mutace delta v Česku už nemá soupeře. Laboratoře navíc odhalily její další variantu
V Česku již zcela dominuje varianta delta, která vytlačuje další varianty nového typu koronaviru. Státní zdravotní ústavy (SZÚ) uvedl ve své týdenní zprávě, že až 97 % testovaných vzorků vykazují přítomnost varianty delta. Dříve dominantní alfa nyní zabírá méně než 4 % vzorků. Detekovány byla i varianta delty, označováná jako AY.3, a to zpětným zkoumáním starších vzorků novým algoritmem.
„Subvarianta delta, kterou vědci označili AY.3, zatím v praxi nenasvědčuje žádné zásadní změně průběhu onemocnění. Jedná se o zpřesnění klasifikace viru. AY.3 se zatím v ČR našla pouze v minimech případů, v 19 z celkem 773 celogenomově osekvenovaných vzorků varianty delta,“ vysvětluje ředitelka Státního zdravotního ústavu MUDr. Barbora Macková.
V období od 23. 7. do 6. 8. má NRL k dispozici data z 1787 provedených testů diskriminační PCR, které byly nahlášeny do ISIN z 66 laboratoří v ČR. Delta varianta je přítomná až v 97 procentech takto vyšetřených vzorků. Variantu alfa ukazují necelá 4 procenta. Ostatní varianty mají velmi malý podíl odpovídající méně než jednomu procentu vzorků. Varianta AY.1 (delta +) není za dané období jednoznačně detekována v žádné z laboratoří. Celkově bylo od začátku roku do 6. 8. v ČR celogenomově osekvenováno 6 155 pozitivních vzorků, v posledním týdnu pak konkrétně 376 vzorků. Také v těchto nejnovějších vzorcích dominuje delta a alfa se stává minoritní.
K celogenomové sekvenaci se bez ohledu na výsledky PCR testů posílá zhruba 10 procent vzorků. U cílené sekvenace se jedná se o případy selhání vakcinace, reinfekce, hospitalizací osob mladších 50 let věku, případy vykazující neobvyklé klinické symptomy a vzorky, které v rámci PCR diagnostiky vykazuji neobvyklé charakteristiky.
Nový algoritmus pomohl odhalit subvariantu viru
„Současně je třeba sekvenovat reprezentativní podíl všech pozitivních vzorků, bez ohledu na to, zda je již z diskriminačních PCR zřejmé, že se jedná o určitou variantu. Právě tento reprezentativní podíl vzorků umožňuje sledovat vývoj viru na území ČR. Celogenomová sekvenace pak trvá jeden až tři týdny v závislosti na logistice. Proto se i ve zprávách Národní referenční laboratoře propisují nálezy s tímto časovým odstupem,“ objasňuje vedoucí Národní referenční laboratoře RNDr. Helena Jiřincová.
„Subvarianta AY.3 byla vyhodnocena zpětnou analýzou za použití nového výpočetního algoritmu již dříve osekvenovaných vzorků. Takovou kontrolou prošly všechny pozitivní vzorky od května tohoto roku, a to v rámci sekvenační strategie a s cílem sestavení tzv. fylogenetického stromu, zjednodušeně řečeno rodokmenu všech sekvenací varianty delta,“ dodává Jiřincová.
V tuto chvíli také SZÚ čeká na potvrzení či vyvrácení podezření delty plus ve dvaceti případech.
Témata:
Související
Buďte první, kdo se k tématu vyjádří.