Opravdové hrůzy zažilo vězení za druhé světové války. V místní sekyrárně nacisté popravili 1075 příslušníků odboje. Po konci války místo sloužilo nejdříve pro věznění a popravy kolaborantů, později tu umírali údajní nepřátelé komunistického režimu.
Například Milada Horáková (†48). A nakonec tu proběhly také poslední popravy v Československu. V roce 1975 zde byla popravena poslední žena, Olga Hepnarová (†23), a v roce 1989 i pětinásobný vrah a poslední muž Vladimír Lulek (†35). V současnosti Pankrác slouží jako vazební věznice s kapacitou 1202 míst.
»Sídlo« prezidentů
Během druhé světové války byl v pankrácké věznici zavřený budoucí prezident Antonín Zápotocký (†72). Na nemoc za zdmi vězení zemřel pro kolaboraci souzený protektorátní prezident Emil Hácha (†72). Výčet prezidentů pak uzavírá Václav Havel (†75), který za mřížemi pobýval v 70. a 80. letech minulého století.
Moderní vězení
Trestnice splňovala již v době otevření veškeré požadavky na moderní vězení. Kromě splnění požadavků na hygienu a základní komfort odsouzených, jako bylo topení, měla i řadu prvků, které se používají dodnes. Vybavena byla například modlitebnami, nemocnicí, učebnami či tělocvičnou.
