Jobsovou hlavní úlohou v Pixaru, jenž byl dlouhá léta dvorním dodavatelem animovaných filmů pro společnost Disney, bylo vyjednávání. Prvním z obrovských úspěchů studia se stal Příběh hraček II. Jenom ve Spojených státech vydělal 246 milionů dolarů, celosvětově pak 485 milionů.
Dalším snímkem, který se stal hitem Pixaru (a Disneyho), byl animovaný film Hledá se Nemo. Překonal dokonce i Lvího krále a stal se vůbec nejúspěšnějším animovaným filmem v dějinách. Doma vydělal 340 milionů dolarů a ve světě úctyhodných 868 milionů. V roce 2010 se rovněž stal nejpopulárnějším DVD všech dob, jelikož se ho prodalo neuvěřitelných 40 milionů kopií! Nakonec toto dílo také získalo Oscara za nejlepší animovaný film. „Mám ten film moc rád, protože je o riskování a o tom, jak se naučit nechat riskovat ty, které milujeme,“ říkal Jobs.
V lednu 2006 odkoupil Disney Pixar za 7,4 miliardy dolarů. Jobs díky tomu získal sedm procent akcií Disney a místo v představenstvu společnosti.
