Jako samostatný kameraman debutoval Milota v roce 1963 díky Janu Procházkovi, podle jehož scénáře natočil Ivo Novák psychologické drama Na laně. Několik krátkých filmů Milota natočil s režisérem Vladimírem Sísem, s režisérem Jánem Roháčem udělal v roce 1965 Recitál Jiří Suchý - Jiří Šlitr. Jeho posledním celovečerním filmem byl oceňovaný Spalovač mrtvol, kde hrála i Chramostová.
V roce 1968 Milota při příjezdu okupačních vojsk Varšavské smlouvy natočil v Praze množství dokumentárních záběrů, v lednu 1969 dokumentoval pohřeb Jana Palacha. Za normalizace byl propuštěn z barrandovského studia a nemohl dále točit. Se svou ženou, které tehdy režim také znemožňoval společenské angažmá, organizoval bytové divadlo. Stal se signatářem Charty 77.
Kvůli potížím se zrakem se po roce 1989 k práci kameramana nevrátil, ale z materiálů, které natočil na konci 60. let, mělo premiéru ještě několik filmů. Hned v roce 1989 to byl středometrážní Zmatek, ve kterém Milota použil záběry pořízené v bouřlivých letech 1968 a 1969, kdy natáčel vše, co se tehdy dělo. Materiál natočený při Palachově pohřbu se našel až v roce 2002. Vznikl z něj krátký film Jan 69.
V letech 1994 až 1996 byl Milota členem Rady Státního fondu České republiky pro podporu a rozvoj české kinematografie a v letech 1997 až 2001 byl členem Rady pro rozhlasové a televizní vysílání, ze které dobrovolně odešel. V roce 2001 získal Cenu Františka Kriegla. Před třemi lety dostal Českého lva za mimořádný přínos české kinematografii.
