Skoro pět desítek milionů korun by podle něj mělo vyřešit největší problémy, které jsou s areálem Anežského kláštera, jedním ze šesti objektů NG, dnes spojené.
Bývalý klášter klarisek a minoritů patří k nejvýznamnějším gotickým stavbám Prahy. Založila jej ve 13. století přemyslovská princezna sv. Anežka Česká spolu se svým bratrem králem Václavem I. Do budovaného kláštera záhy vstoupila a žila zde v čele řeholní komunity až do své smrti. Po josefských reformách z konce 18. století komplex sloužil jako řemeslnická dílna a ubytovna pro chudé. Vzhledem k návaznosti místa na židovské ghetto se později uvažovalo i o jeho asanaci, pro odpor veřejnosti se tak ale nestalo. Klášter procházel postupnou obnovou během celého 20. století. Nejrozsáhlejší přestavby byly v 50. a 60. letech, kdy se připravoval pro Národní galerii.
Objekt je národní kulturní památkou a hostí expozici středověkého umění v Čechách a střední Evropě. Přístupné jsou všechny význačné prostory, včetně oratoře sv. Anežky, Svatyně Salvátora a kostela sv. Františka s místem uložení ostatků krále Václava I. Podle Fajta je však areál potřeba z hlediska návštěvníků výrazně revitalizovat. Opravoval se ale i v nedávné době - loni a předloni se překládala střecha a opravovaly se arkýře.
Fajt plánuje zpřístupnit zahradu uvnitř areálu i v dosud nepřístupné části severně od kostela sv. Salvátora. Nevyhovující jsou podle něj vstupní prostory s pokladnou, šatnou a prodejnou. Chce obnovit severní vstup do areálu od řeky, který bude zejména pro ty, kdo jdou do Anežky poprvé, lépe dosažitelný. Archeologické pozůstatky základů mužského kláštera jsou dnes ohrožené povětrnostními vlivy. Měly by tedy být lépe chráněny a poté zpřístupněny veřejnosti. Všechny změny bude pak podle ředitele reflektovat nový edukativně-informační systém. Na větší investice podle Fajta čekají také technologie, zejména klimatizace.
Anežský areál je objektem Národní galerie, v jehož koncepci expozice ředitel Fajt neplánuje výraznější změny - měl by i nadále sloužit prezentaci středověkého umění. Protipovodňová opatření v areálu i na Starém Městě už podle něj objekt chrání před velkou vodou. Otázku případného vracení církevního majetku se NG zatím daří řešit dohodami o dlouhodobých zápůjčkách, a významné umělecké předměty pořízené kdysi církví zůstávají součástí expozic.
