Mezi nejčastější chyby patří nevyplnění identifikace datové schránky nebo e-mailu v úvodní části formuláře. Dále chybí nebo je špatný formát DIČ odběratele nebo dodavatele, někdy je v hlášeních chybné číslo finančního úřadu.
Podle vyjádření daňových poradců, oslovených ČTK týden před termínem pro odevzdání kontrolního hlášení, řada firem evidovala problémy při sestavování výkazů. Například daňová poradkyně společnosti Mazars Pavla Hadrabová uvedla, že mnoho poskytovatelů účetních systémů dodělalo poslední úpravy v účetních programech až na počátku února a velká část klientů Mazars sestavuje svá první kontrolní hlášení až nyní.
Velké firmy většinou jen musí aktualizovat účetní software, menší firmy si musí najmout účetní nebo daňového poradce. Komora certifikovaných účetních ve středu uvedla, že 90 procent jejich členů považuje zpracování hlášení za zbytečnou časovou zátěž, která se promítne do zdražení účetních služeb.
"S největšími problémy se potýkají společnosti, jejichž účetní systémy neumožňují přípravu kontrolního hlášení v požadovaném speciálním formátu. Jde většinou o nadnárodní firmy s účetními programy od zahraničních poskytovatelů," uvedl již dříve odborník na nepřímé daně v PwC ČR Martin Diviš. Firmy tak podle něj musí například ručně upravovat data, identifikovat transakce se speciálním režimem nebo propojit databáze obchodních partnerů s databází vystavených a přijatých faktur.
V souvislosti s kontrolním hlášením hrozí poplatníkům řada pokut. Nejnižší, 1000 korun, dostane plátce DPH, pokud podá kontrolní hlášení pozdě, ale zároveň jej dodatečně podá bez vyzvání správce daně. Finanční správa ovšem v souvislosti s připravovanou novelou, která sankce zmírňuje, na počátku roku upozornila, že tisícikorunová pokuta bude automaticky prominuta v případě, že prodlení při podání hlášení bylo v daném kalendářním roce poprvé. Dále existují pokuty 10.000, 30.000, 50.000 korun, ale i 500.000 korun v případech, kdy plátce závažně ztěžuje nebo maří správu daní.
Zavedení kontrolního hlášení je obsaženo v zákoně od ledna 2015 s odloženou roční účinností. Kontrolní hlášení k DPH jsou jedním z nástrojů, které mají zabránit daňovým únikům. Firmy musí podávat kontrolní hlášení každý měsíc. Pro fyzické osoby, které jsou plátci DPH, bude lhůta pro kontrolní hlášení závislá na lhůtě přiznání u DPH. Fyzické osoby mohou přiznání podávat měsíčně nebo čtvrtletně.
S návrhem na zavedení kontrolního hlášení přišel ministr financí Andrej Babiš (ANO) po nástupu do funkce na počátku roku 2014, inspirovat se nechal zkušenostmi ze Slovenska. Parlament schvaloval příslušnou novelu koncem roku 2014.
