Vedení NKÚ se zřejmě postaví k žádosti vstřícně a kontrolu zařadí do svého plánu. "Kolegium NKÚ se vždy zabývá kvalifikovanými podněty a ve většině případů je do plánu kontrolní činnosti zařazuje. Vzhledem k tomu, o jak závažnou záležitost se jedná, navíc podpořenou usnesením Poslanecké sněmovny, předpokládám, že tento podnět kolegium do plánu kontrolní činnosti zařadí," sdělil ČTK prezident NKÚ Miloslav Kala. Kolegium může během roku plán kontrol upravovat a podle situace do něj zařazovat nové kontroly i během roku.

"My trváme na tom, že audit považujeme na neprofesionální," řekla ministryně s tím, že její úřad mimo jiné neměl možnost vypořádat své připomínky k auditní zprávě před jejím odeslání Evropské komisi. Poznamenala, že místo toho byla auditní zpráva jejímu úřadu předložena náměstkem ministra financí Lukášem Wagenknechtem jako finální. Sněmovna proto vyzvala na závěr jednání Babiše, aby postup svého náměstka posoudil a vyjádřil se k němu.

Babiš během debaty zdůrazňoval, že do auditu neměl právo zasahovat a že ho nebude hodnotit. "Není to audit ministerstva financí, je to audit z pověření Evropské komise," řekl. Kritici auditu podle něj ohrožují čerpání peněz unijních fondů. "Výsledkem auditu jsou zjištění spočívající zejména v podezření na podvod, kartelovou dohodu uchazečů a nedodržování zákona o veřejných zakázkách," uvedl. Podle Šlechtové auditoři také poukázali na údajnou předraženost některých částí tendru.

Oponenti mimo jiné poukazovali na to, že na vypracování auditu se podílela firma, která v tendru neuspěla. Exministr financí Miroslav Kalousek (TOP 09) řekl, že Babiš se nemůže zbavit odpovědnosti za auditní orgán působící na ministerstvu financí a za jeho personální obsazení. Předseda ODS Petr Fiala uvedl, že postoj ministerstva financí ohrožuje čerpání dotací EU.

Opozici se nepodařilo prosadit, aby odpovědnost za možnou škodu v celé kauze do měsíce vyšetřil premiér Bohuslav Sobotka (ČSSD). Požadavky na NKÚ a Babiše ale podpořil i lidovci a část sociálních demokratů.

Monitorovací systém evropských strukturálních a investičních fondů pro období 2014-2020, který nahrazuje nynější tři rozdílné systémy řízené třemi ministerstvy a centrální zastřešující systém, je pro čerpání peněz z fondů EU klíčový. Právě prostřednictvím něj budou řídicí orgány jednotlivých operačních programů vyhlašovat výzvy k předkládání žádostí a přijímat konkrétní projekty.

Vláda v pondělí rozhodla o tom, že systém bude do vyjasnění financován ze státního rozpočtu, nikoli z prostředků EU. Dosud stál podle ministryně 590 milionů korun. EU v rámci tzv. korekce neproplatí podle Šlechtové 252 milionů korun, pokud se se závěry auditu Evropská komise ztotožní. Ministryně řekla, že pondělní rozhodnutí vlády nutně neznamená, že stát zaplatí celou sumu. Výsledky auditu se kromě komise zabývá protikorupční policie, Šlechtová do půli května dá také podnět k prošetření antimonopolnímu úřadu. Vyřešení kauzy může trvat několik měsíců, dodala.

Výběrové řízení na tvorbu systému, poskytování služeb a servisní podpory a rozvoj aplikace v roce 2013 vyhrála firma Tesco SW. Systém MS2014+ by měl fungovat do roku 2030. Babiš i Šlechtová poukazovali na to, že smlouva s Tesco SW je platná, systém funkční a nic v tomto směru nebrání čerpání z fondů EU. Zrušení smlouvy by mohlo vést k arbitráži, varovala ministryně.