Pro své ojedinělé schopnosti býval Trnka označován za renesančního umělce, on sám se považoval především za malíře. Největší popularitu mu přinesly ilustrace dětských knih, například Broučků Jana Karafiáta nebo Hrubínova Špalíčku veršů a pohádek. Spolu s Hermínou Týrlovou a Karlem Zemanem stál u zrodu studia Bratři v triku. V roce 1947 založil vlastní studio, které neslo jeho jméno a orientovalo se více na loutkové filmy.

Za dvě desítky let natočil Trnka 16 loutkových filmů, pro které navrhl či vyrobil více než 130 loutek. Za několik desítek let od jejich vzniku jich bylo ale mnoho ztraceno, další leží v zaprášených krabicích v depozitářích skryty očím veřejnosti. Ty, které se podařilo dohledat a zachránit, jsou často v tak špatném stavu, že je nelze vystavovat.

Technologie výroby filmových loutek vyžaduje použití materiálů, které dokážou splňovat požadavky pro natočení filmu. Není je však možné trvale uchovat. Původní polymetalové kostry loutek korodují, kožené prvky ztrácejí pružnost, textilie se rozpadají, lepidla rozkládají a malba z tváří loutek se ztrácí. Stav některých filmových loutek tak je dnes podle Janičatové kritický.

"Uvědomujeme si povinnost, kterou ke svému slavnému předkovi a jeho dílu máme. O loutky kontinuálně pečujeme, od soukromých sběratelů vykupujeme další a necháváme je v rámci svých finančních možností restaurovat," uvedl Matyáš Trnka. Originální loutky mohli lidé spatřit na výstavě v roce 2015 v Plzni. Potomci se snaží na restaurování loutek získávat příspěvky od státu i soukromých subjektů a aktuálně se koná i veřejná sbírka.

V roce 2015 použili syn a vnuk Jiřího Trnky materiály z rodinných archivů a pod názvem Trnkova Zahrada 2 vytvořili interaktivní projekt na pomezí výstavy, divadelního představení a animovaného filmu, který byl uveden v několika českých městech a zaznamenal vysokou návštěvnost.