"Nikdy se tam dobrovolně nevrátím," řekl doslova Šešelj. V únoru 2003 se dobrovolně v Haagu u Mezinárodního trestního tribunálu pro bývalou Jugoslávii (ICTY) přihlásil. Několik let poté strávil ve vazbě.

Letitý vůdce srbských radikálů byl obžalován ze zločinů proti lidskosti a z porušení válečného práva nebo válečných zvyků. Obžaloba se týkala zejména zločinů spojených s etnickými čistkami, které Šešelj podle žalobců podněcoval a podporoval. Jednalo se mimo jiné o vraždu, mučení, sexuální násilí a ničení majetku.

Haagský tribunál jej loni v březnu shledal nevinným ve všech devíti bodech obžaloby. Prokuratura se proti rozhodnutí odvolala.

Vzhledem k tomu, že činnost ICTY k poslednímu dnu letošního roku končí, přebírá jeho zbývající agendu zmiňovaný MICT, který obdobně přebral i agendu soudu zabývajícího se válečnými zločiny ve Rwandě.

Šešelj vede Srbskou radikální stranu (SRS), je poslancem parlamentu.