Saipova vyšetřovatelé obvinili z terorismu 1. října, tedy den po útoku. Ve stejný den si také formálně vyslechl obvinění, která před federálním soudem na Manhattanu vznesla prokuratura. V americkém justičním systému ale v obzvláště v případě federálních zločinů rozhoduje o zahájení procesu velká porota, která posuzuje, zda je k tomu dostatek důkazů. Velká porota tak nyní dala souhlas, aby soudní proces mohl začít.

Saipov čelí obžalobě, která má 22 bodů. V osmi bodech je obžalován z vraždy a ve 12 z pokusů o vraždu, v jednom bodě z poskytování a pokusu o poskytování materiální podpory teroristickému hnutí Islámský stát a poslední bod se pak týká zneužití automobilu k útoku.

Saipov, který úterní obžalobě nebyl přítomen, vyšetřovatelům již dříve sdělil, že postupoval podle návodu šířeného hnutím Islámský stát a že chtěl zabít co nejvíc lidí. Americký prezident Donald Trump chce, aby útočníkovi uložil soud trest smrti.