Honeckerová v komunistické NDR zastávala post ministryně školství a zodpovídala také za ideologické otázky. Měla mimo jiné na starosti násilné odebírání dětí disidentů a jejich adopce v rodinách "politicky spolehlivých" osob. I proto si vysloužila přezdívku "rudá čarodějnice".

Před čtyřmi lety Margot Honeckerová výjimečně poskytla televizní rozhovor, ve kterém obhajovala tvrdý komunistický režim. "Pro mě byla NDR mým životem," prohlásila v rozhovoru pro německý dokument s názvem Pád - Honeckerův konec, který stanice ARD odvysílala v pondělí. "Je to tragédie, že tato země již neexistuje," řekla.

Erich Honecker zemřel v květnu 1994 na rakovinu jater v Chile. Až do své smrti zůstal zapřisáhlým stalinistou, který neprojevil lítost za spáchané zločiny. Po pádu berlínské zdi za ně byl souzen. Vzhledem k Honeckerově postupující nemoci byl však proces z humanitárních důvodů v lednu 1993 zastaven.