Trojánek vedl Krajské ředitelství policie Jihočeského kraje od března 2014. Před tím působil čtyři roky na nově vzniklém ředitelství kraje Vysočina ve funkci náměstka pro vnější službu. U policie pracuje od roku 1992.

Podle dřívějšího vyjádření policejního prezidenta Tomáše Tuhého fungují krajská ředitelství stejně a výměny šéfů se mohou stát dobrou praxí. Ředitelé tak získávají zkušenosti se všemi problematickými oblastmi. V jihočeském kraji například dominuje migrace a ochrana státní hranice, což podle policejního prezidenta není typické u vnitrostátních útvarů.

Změny, které policie nastartovala před rokem a půl, urychlila olomoucká kauza, která se týká podezřelých vazeb mezi podnikateli, policisty a politiky, ovlivňování některých trestních kauz a úniků informací z trestních spisů. Olomoucký policejní ředitel Libor Krejčík na funkci kvůli případu rezignoval a na jeho místo nastoupil šéf ústecké krajské policie Tomáš Landsfeld. Uvolněné místo v Ústí nad Labem obsadil Jaromír Kníže z plzeňského krajského ředitelství.

Podobnou rošádu zažila krajská policejní ředitelství před rokem a půl, kdy se vyměnili ředitelé v krajích Královéhradeckém, Pardubickém, Jihočeském a Vysočina. Bývalý policejní prezident Martin Červíček nahradil v Královéhradeckém kraji Jana Švejdara, který se stal ředitelem v Pardubickém kraji. Jeho šéf Radek Malíř se přesunul do kraje Vysočina, odkud odešel Trojánek, aby převzal vedení jihočeské policie.