NKÚ prověřoval postup ministerstva financí, Generálního finančního ředitelství a finančních úřadů při správě daně v letech 2012 až 2015. "Kontrola ukázala, že zákon o daních z příjmů se postupně stává stále více nepřehledným, je složitý a obsahuje řadu výjimek, což komplikuje správu daně, zvyšuje administrativní zátěž těm, kteří daně odvádějí i spravují, a nepřispívá efektivitě výběru daně," uvedl mluvčí NKÚ.

Na složitost placení i výběru daně mělo podle úřadu vliv celkové množství odpočitatelných položek i časté změny v zákoně. "Jen v kontrolovaném období byla zavedena například nová sleva na dani, progrese daňového zvýhodnění podle počtu dětí, solidární zvýšení daně pro osoby s vysokými příjmy nebo se měnily podmínky pro vykazování daňového základu," upozornil Kešner.

Že je nynější systém daně z příjmů složitý, potvrdilo i ministerstvo. "Proto v současné době připravuje ministerstvo financí zcela nový zákon o daních z příjmů, který bude jednoduchý a odolnější proti negativním dopadům častého zavádění výjimek. Součástí nového konceptu bude katalog parametrů, který bude obsahovat přehled všech daňových výjimek včetně kvantifikace jejich dopadů na příjmy z této daně, čímž bude zároveň vyhověno dalším požadavkům NKÚ," uvedl Běhal.

Změny v zákoně se podepsaly i na nepřesných odhadech příjmů z daní do státní pokladny. Odhady se podle NKÚ lišily od skutečného objemu peněz z daně až o asi šest procent. Ministerstvo financí navíc samo nezjišťovalo, jak se změny promítly do rozpočtu. "K dispozici sice mělo údaje z daňových přiznání, ty se ale nezpracovávají způsobem, který by umožnil rozpoznat reálný dopad jednotlivých změn na rozpočet," uvedl Kešner. "S ohledem na to, že úpravy se mohou dotýkat až zhruba 4,5 milionu fyzických osob a více než 350.000 zaměstnavatelů a každá další úprava může dále zvyšovat administrativní zátěž, bylo by vhodné vliv změn vyhodnocovat," doplnil.

Podle ministerstva byly odchylky v odhadech příjmů z daní ovlivněny hlavně verdikty Ústavního soudu, které umožnily zpětné uplatnění slevy na dani zaměstnaným důchodcům či zrušení zdanění státních příspěvků na stavební spoření. Ministerstvo také sdělilo, že analýzy daňových změn pravidelně provádí.

Při elektronickém podání daňových přiznání, které je od roku 2015 povinné pro osoby s datovou schránkou, finanční úřady v několika případech porušily zákon. Automatizovaný daňový informační systém (ADIS) totiž neumí odeslat automaticky zprávu o odmítnutí podání, takže na chybu v přiznání musí plátce daně upozornit pracovníci finanční správy. "Na vzorku 141 odmítnutých podání kontroloři zjistili, že v osmi případech finanční úřady nevyzvaly osobu, aby podání opravila, ale rovnou jí uložily pokutu, čímž porušily zákon," sdělil mluvčí NKÚ. V roce 2015 evidovalo Generální finanční ředitelství přes 400.000 podání přes datovou schránku.

"Zjištěné pochybení v počtu osmi nezaslaných výzev není systémovým pochybením, ale jde o individuální chybu člověka, která je napravitelná možností, podat odvolání proti rozhodnutí o pokutě," uvedl Běhal. Finanční správa podle něj doporučuje provádět elektronická podání přes aplikaci EPO na webu www.daneelektronicky.cz, která před odesláním zkontroluje správnost podání. Správa také chystá nový systém pro správu daní.