Soudu byl stanoven takzvaný odvod, a to za porušení rozpočtové kázně v souvislosti s projektem výstavby justičního areálu. Finanční ředitelství v Brně mu v listopadu 2011 vystavilo platební výměr na 1,9 miliardy korun, což znamená, že soud měl státu vrátit vše, co nový justiční areál stál.

Krajský soud si proti tomu podal odvolání k Odvolacímu finančnímu ředitelství, a protože neuspěl, tak i správní žalobu. Nejvyšší správní soud pak dospěl k závěru, že Odvolací finanční ředitelství musí celou záležitost projednat znovu. V reakci na to odvolací ředitelství odvod, tedy sankci, soudu snížilo.

"Jedná se o výrazné snížení uloženého odvodu, nicméně i nově vyměřená částka citelně zatěžuje nejen rozpočet Krajského soudu v Brně, ale i resortu (ministerstva spravedlnosti) jako celku. Další kroky proto projedná soud s ministerstvem," uvedla mluvčí.

Finanční úřad zjistil chyby v administrativě spojené se stavbou areálu. Podle něj krajský soud nepostupoval správně při projektu. Justiční areál ale stojí a je už delší čas v provozu.

V roce 2005 se předpokládalo, že stavba komplexu přijde na 805 milionů korun, po přesném vyčíslení nákladů cena vzrostla na 1,674 miliardy korun. Investici v této výši schválilo i ministerstvo spravedlnosti. Celkové náklady byly ale 1,938 miliardy korun. částka zahrnuje nejen stavbu soudních budov, ale i jejich kompletní vybavení.

Bývalý předseda krajského soudu Jaromír Pořízek v minulosti upozorňoval na to, že změna nákladů v tomto projektu je komentována špatně. Podle něj sice vzrostly z původních 800 milionů na téměř dvě miliardy, ale při stanovení prvotní částky nebyly známy mnohé údaje z projektové dokumentace, například napojení na dopravní infrastrukturu či na sítě. Pořízek je nyní za údajné nedostatky celého projektu stíhán.