GFŘ, které vzniklo v souvislosti s reformou daňové správy v roce 2011, je jedním z nejvyšších orgánů finanční správy. Ta má za hlavní cíl správu daní. Finanční správu ČR tvoří Generální finanční ředitelství, Odvolací finanční ředitelství a finanční úřady. Knížek byl před vznikem finanční správy vrchním ředitelem Ústředního finančního a daňového ředitelství ministerstva financí.

Rozsáhlými personálními změnami prošlo ministerstvo financí již v předchozích měsících. Ministr Babiš od dubna odvolal náměstkyni pro mezinárodní vztahy Evu Anderovou a náměstka Radka Urbana. Jejich místo zaujal Martin Pros, kterého nominovala ČSSD. Od počátku dubna byly odvoláni také ředitelé některých odborů na MF.

Již v únoru se novými náměstky na ministerstvu financí stali Lukáš Wagenknecht (35) pro finance, audit a provoz, Simona Hornochová (40) pro daně a Ondřej Závodský (34) pro dohled nad loteriemi a hospodaření s majetkem státu.

Na konci března rovněž ministerstvo informovalo, že ze své funkce odstoupil generální ředitel Úřadu pro zastupování státu ve věcech majetkových (ÚZSVM) Miloslav Vaněk. Babiš rovněž odvolal 18. března ředitele Státní tiskárny cenin Richarda Bulíčka. Na jeho místo bylo vypsáno výběrové řízení.